MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus warneri SG1 plasmid clone pvSw1 genomic sequence

Total Repeats: 243

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020274	TTA	2	6	857	862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045534
2	NC_020274	ATT	2	6	1032	1037	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045535
3	NC_020274	TAAA	2	8	1041	1048	75 %	25 %	0 %	0 %	462045535
4	NC_020274	CGT	2	6	1070	1075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	462045535
5	NC_020274	TTA	2	6	1076	1081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045535
6	NC_020274	T	7	7	1154	1160	0 %	100 %	0 %	0 %	462045535
7	NC_020274	TCT	2	6	1214	1219	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	462045535
8	NC_020274	TAA	2	6	1226	1231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045535
9	NC_020274	TTG	2	6	1244	1249	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	462045535
10	NC_020274	TAA	2	6	1267	1272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045535
11	NC_020274	TAA	2	6	1281	1286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045535
12	NC_020274	TTC	2	6	1342	1347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	462045535
13	NC_020274	ATT	2	6	1372	1377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045535
14	NC_020274	ATT	2	6	1414	1419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045535
15	NC_020274	ATC	2	6	1447	1452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	462045535
16	NC_020274	T	6	6	1632	1637	0 %	100 %	0 %	0 %	462045535
17	NC_020274	TTA	2	6	1676	1681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045535
18	NC_020274	TTA	2	6	1685	1690	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045535
19	NC_020274	T	7	7	1735	1741	0 %	100 %	0 %	0 %	462045535
20	NC_020274	AT	3	6	1773	1778	50 %	50 %	0 %	0 %	462045535
21	NC_020274	AT	4	8	1807	1814	50 %	50 %	0 %	0 %	462045535
22	NC_020274	ATC	2	6	1822	1827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	462045535
23	NC_020274	ATT	2	6	1834	1839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045535
24	NC_020274	T	6	6	1903	1908	0 %	100 %	0 %	0 %	462045535
25	NC_020274	AAT	2	6	1925	1930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045535
26	NC_020274	CTTG	2	8	1958	1965	0 %	50 %	25 %	25 %	462045535
27	NC_020274	ATA	2	6	1988	1993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045535
28	NC_020274	GAA	2	6	2399	2404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	462045536
29	NC_020274	TAA	2	6	2431	2436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045536
30	NC_020274	ATA	2	6	2472	2477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045536
31	NC_020274	TTCA	2	8	2479	2486	25 %	50 %	0 %	25 %	462045536
32	NC_020274	ATG	2	6	2493	2498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045536
33	NC_020274	A	6	6	2508	2513	100 %	0 %	0 %	0 %	462045536
34	NC_020274	ATA	2	6	2592	2597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045536
35	NC_020274	A	8	8	2597	2604	100 %	0 %	0 %	0 %	462045536
36	NC_020274	ATG	2	6	2616	2621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045536
37	NC_020274	AAT	2	6	2626	2631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045536
38	NC_020274	ACT	2	6	2635	2640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	462045536
39	NC_020274	TAAA	2	8	2661	2668	75 %	25 %	0 %	0 %	462045536
40	NC_020274	CAA	2	6	2756	2761	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	462045536
41	NC_020274	TAA	2	6	2779	2784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045536
42	NC_020274	AGA	3	9	2812	2820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	462045536
43	NC_020274	ATT	2	6	2832	2837	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045536
44	NC_020274	CGA	2	6	2850	2855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	462045536
45	NC_020274	ATA	2	6	2856	2861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045536
46	NC_020274	AAG	2	6	2880	2885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	462045536
47	NC_020274	GAA	2	6	2897	2902	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	462045536
48	NC_020274	ATCA	2	8	2912	2919	50 %	25 %	0 %	25 %	462045536
49	NC_020274	ACA	2	6	2920	2925	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	462045536
50	NC_020274	CAAC	2	8	2936	2943	50 %	0 %	0 %	50 %	462045536
51	NC_020274	AAGAGA	2	12	2970	2981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	462045536
52	NC_020274	TAA	2	6	3006	3011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045536
53	NC_020274	AAG	2	6	3012	3017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	462045536
54	NC_020274	GAA	2	6	3029	3034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	462045536
55	NC_020274	ATA	2	6	3054	3059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045536
56	NC_020274	AGG	2	6	3060	3065	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	462045536
57	NC_020274	ACC	2	6	3070	3075	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	462045536
58	NC_020274	A	6	6	3077	3082	100 %	0 %	0 %	0 %	462045536
59	NC_020274	TTC	2	6	3098	3103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	462045536
60	NC_020274	TAA	2	6	3286	3291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045537
61	NC_020274	TA	3	6	3329	3334	50 %	50 %	0 %	0 %	462045537
62	NC_020274	TCTT	2	8	3398	3405	0 %	75 %	0 %	25 %	462045537
63	NC_020274	GTTTAA	2	12	3473	3484	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	462045537
64	NC_020274	ATT	2	6	3493	3498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045537
65	NC_020274	TGC	2	6	3507	3512	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	462045537
66	NC_020274	ATGT	2	8	3632	3639	25 %	50 %	25 %	0 %	462045537
67	NC_020274	TCA	2	6	3700	3705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	462045537
68	NC_020274	TAA	2	6	3718	3723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045537
69	NC_020274	T	6	6	3726	3731	0 %	100 %	0 %	0 %	462045537
70	NC_020274	TTC	2	6	3739	3744	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	462045537
71	NC_020274	ATG	2	6	3798	3803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045537
72	NC_020274	AT	3	6	3836	3841	50 %	50 %	0 %	0 %	462045537
73	NC_020274	ATG	2	6	3940	3945	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045538
74	NC_020274	TA	3	6	4001	4006	50 %	50 %	0 %	0 %	462045538
75	NC_020274	TCTT	2	8	4070	4077	0 %	75 %	0 %	25 %	462045538
76	NC_020274	GTTTAA	2	12	4145	4156	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	462045538
77	NC_020274	TAA	2	6	4250	4255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045538
78	NC_020274	ATGT	2	8	4304	4311	25 %	50 %	25 %	0 %	462045538
79	NC_020274	TCA	2	6	4372	4377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	462045538
80	NC_020274	TAA	2	6	4390	4395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045538
81	NC_020274	T	6	6	4398	4403	0 %	100 %	0 %	0 %	462045538
82	NC_020274	TTC	2	6	4411	4416	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	462045538
83	NC_020274	ATG	2	6	4470	4475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045538
84	NC_020274	AT	3	6	4508	4513	50 %	50 %	0 %	0 %	462045538
85	NC_020274	TAG	2	6	4540	4545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045538
86	NC_020274	GAT	2	6	4659	4664	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045539
87	NC_020274	AT	3	6	4663	4668	50 %	50 %	0 %	0 %	462045539
88	NC_020274	TGG	2	6	4769	4774	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	462045539
89	NC_020274	ATG	2	6	4846	4851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045539
90	NC_020274	TA	3	6	4855	4860	50 %	50 %	0 %	0 %	462045539
91	NC_020274	AGA	2	6	4919	4924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	462045539
92	NC_020274	A	6	6	4929	4934	100 %	0 %	0 %	0 %	462045539
93	NC_020274	TGG	2	6	5003	5008	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	462045539
94	NC_020274	ACG	2	6	5015	5020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	462045539
95	NC_020274	A	6	6	5256	5261	100 %	0 %	0 %	0 %	462045539
96	NC_020274	CA	3	6	5268	5273	50 %	0 %	0 %	50 %	462045539
97	NC_020274	CTA	2	6	5413	5418	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	462045540
98	NC_020274	ATA	2	6	5441	5446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045540
99	NC_020274	GAC	2	6	5566	5571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	462045540
100	NC_020274	ATA	2	6	5708	5713	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045540
101	NC_020274	TAA	2	6	5715	5720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045540
102	NC_020274	ACA	2	6	5745	5750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	462045540
103	NC_020274	A	6	6	5750	5755	100 %	0 %	0 %	0 %	462045540
104	NC_020274	TCA	2	6	5781	5786	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	462045540
105	NC_020274	AAC	2	6	5811	5816	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	462045540
106	NC_020274	TCA	2	6	5833	5838	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	462045540
107	NC_020274	TGATA	2	10	5853	5862	40 %	40 %	20 %	0 %	462045540
108	NC_020274	T	6	6	5881	5886	0 %	100 %	0 %	0 %	462045540
109	NC_020274	TTA	2	6	5923	5928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045540
110	NC_020274	AAG	2	6	5979	5984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	462045540
111	NC_020274	ATT	2	6	5989	5994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045540
112	NC_020274	TAT	2	6	6050	6055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045540
113	NC_020274	TAG	2	6	6083	6088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045540
114	NC_020274	TAT	3	9	6152	6160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045540
115	NC_020274	ATTT	2	8	6361	6368	25 %	75 %	0 %	0 %	462045540
116	NC_020274	AGG	2	6	6443	6448	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	462045540
117	NC_020274	ATT	2	6	6549	6554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045541
118	NC_020274	TAAAAG	2	12	6639	6650	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	462045541
119	NC_020274	TTA	2	6	6655	6660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045541
120	NC_020274	ATTT	2	8	6764	6771	25 %	75 %	0 %	0 %	462045541
121	NC_020274	ATTT	2	8	6789	6796	25 %	75 %	0 %	0 %	462045541
122	NC_020274	AT	3	6	6860	6865	50 %	50 %	0 %	0 %	462045541
123	NC_020274	T	6	6	6961	6966	0 %	100 %	0 %	0 %	462045541
124	NC_020274	TACG	2	8	6968	6975	25 %	25 %	25 %	25 %	462045541
125	NC_020274	GTC	2	6	6976	6981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	462045541
126	NC_020274	TTTAAA	2	12	6990	7001	50 %	50 %	0 %	0 %	462045541
127	NC_020274	AAT	2	6	7008	7013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045541
128	NC_020274	TAA	2	6	7017	7022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045541
129	NC_020274	CAG	2	6	7048	7053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	462045541
130	NC_020274	TA	3	6	7079	7084	50 %	50 %	0 %	0 %	462045541
131	NC_020274	TG	3	6	7224	7229	0 %	50 %	50 %	0 %	462045542
132	NC_020274	AATG	2	8	7293	7300	50 %	25 %	25 %	0 %	462045542
133	NC_020274	CAG	2	6	7336	7341	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	462045542
134	NC_020274	ATA	2	6	7481	7486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	462045543
135	NC_020274	TTA	2	6	7487	7492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	462045543
136	NC_020274	CT	3	6	7515	7520	0 %	50 %	0 %	50 %	462045543
137	NC_020274	TA	3	6	7525	7530	50 %	50 %	0 %	0 %	462045543
138	NC_020274	GGT	2	6	7546	7551	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	462045543
139	NC_020274	GAT	2	6	7660	7665	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045543
140	NC_020274	TTG	2	6	7682	7687	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	462045543
141	NC_020274	GGC	2	6	7720	7725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	462045543
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145	NC_020274	T	6	6	7984	7989	0 %	100 %	0 %	0 %	462045543
146	NC_020274	ATATT	2	10	8049	8058	40 %	60 %	0 %	0 %	462045543
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151	NC_020274	GAG	2	6	8311	8316	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	462045543
152	NC_020274	GAAA	2	8	8326	8333	75 %	0 %	25 %	0 %	462045543
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159	NC_020274	TA	3	6	8494	8499	50 %	50 %	0 %	0 %	462045544
160	NC_020274	GTA	2	6	8525	8530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045544
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164	NC_020274	AT	3	6	8708	8713	50 %	50 %	0 %	0 %	462045544
165	NC_020274	TGG	2	6	8728	8733	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	462045544
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243	NC_020274	TAG	2	6	13069	13074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	462045549

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.